Σήμερα γιορτάζει η πόλη του Αγίου Νικολάου και το εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου που βρίσκεται στον όρμο του Καθολικού και έδωσε το όνομα στην πρωτεύουσα του νομού Λασιθίου. Ο όρμος αποτελούσε το κύριο λιμάνι της περιοχής για αρκετούς αιώνες. Στους βενετσιάνικους χάρτες σημειώνεται ως «Porto di San Nicolo», δηλαδή λιμάνι του Αγίου Νικολάου.
Η αρχιτέκτων μηχανικός της Εφορείας Αρχαιοτήτων Λασιθίου Δάφνη Χρονάκη αναφέρει ότι ο ναός είναι μονόχωρος και υποδομήθηκε, πιθανότατα, λίγο πριν την αραβική επικράτηση (827/28 μ.Χ.). Αυτό συμπεραίνεται λόγω του ανεικονικού (χωρίς εικόνες) διακόσμου που έχει το πρώτο, το αρχαιότερο στρώμα τοιχογραφιών, το οποίο κοσμήθηκε την περίοδο της Εικονομαχίας. Επομένως, ο ναός χτίστηκε πριν από την αναστήλωση των εικόνων, που έγινε το 843 μ.Χ. Επειδή όμως η Κρήτη είχε καταληφθεί από τους Άραβες το 827/828 μ.Χ., ο ναός πρέπει να είχε ήδη κατασκευαστεί και εικονογραφηθεί. Σε έναν τάφο στο προαύλιο, που ανασκάφηκε το 2007, βρέθηκε μια μεταλλική πόρπη του 7ου μ.Χ. αιώνα. Υπήρχε επομένως χρήση του χώρου σε παλιότερες εποχές. Στη βόρεια πλευρά υπάρχει μικρή θολωτή δεξαμενή νερού, κατασκευασμένη ως φαίνεται κατά τη Βενετοκρατία.
Σε σχέση με την κατασκευή και το είδος του ναού, η κ. Χρονάκη αναφέρει ότι ο ναός είναι πετρόκτιστος με πολύ μικρά παράθυρα στις 4 πλευρές. Η κατασκευή του είναι μέτρια, δηλαδή δεν έχει πολύ σπουδαία τεχνική, φαίνεται όμως ότι οι χτίστες ήταν έμπειροι. Χτίστηκε με απλή αργολιθοδομή, δηλαδή με κοινές πέτρες ακανόνιστου ορθογωνισμένου σχήματος και με λάσπη από ασβέστη και άμμο για συνδετικό υλικό. Μόνο οι γωνιακές πέτρες, οι γωνιόλιθοι, είναι λαξευμένες ώστε να αποκτούν ορθογώνιες και επίπεδες επιφάνειες. Αυτή η κατασκευή, με όλα τα εξωτερικά στοιχεία σε απλές μορφές, χωρίς ιδιαίτερη διακόσμηση, είναι χαρακτηριστική των βυζαντινών χρόνων.
Ως προς την εικονογράφηση του ναού, υπάρχουν δύο στρώματα ζωγραφικής: το πρώτο ανεικονικό, που τοιχογραφήθηκε πριν το 827/28 μ.Χ. με φυτικά και γεωμετρικά μοτίβα (σχηματοποιημένα φύλλα, κλαδιά, ρόμβους, κύκλους, ταινίες, κυματοειδείς γραμμές), και το δεύτερο εικονικό (με μορφές αγίων), που χρονολογείται στις αρχές του 14ου αιώνα. Κατά την ανακατάληψη της Κρήτης από το Βυζάντιο με το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ. είχε ήδη συντελεστεί η αναστήλωση των εικόνων. Το 1303, όταν έγινε μεγάλος καταστρεπτικός σεισμός, το εκκλησάκι ανακαινίστηκε. Η νέα τοιχογράφηση κάλυψε εν μέρει το παλιό στρώμα γεωμετρικών και φυτικών μοτίβων. Από πάνω ζωγραφίστηκαν μορφές αγίων και εικόνες από την Καινή Διαθήκη. Για τους δημιουργούς των τοιχογραφιών δεν γνωρίζουμε τίποτα, επειδή εκείνες τις εποχές δεν υπέγραφαν τα έργα τους. Επίσης, δεν υπάρχουν γραπτές πηγές που να μας πληροφορούν για κάτι σχετικό.
Ο ναός έχει μοναδική αρχαιολογική αξία ως άρτιο δείγμα της πρωτοβυζαντινής αρχιτεκτονικής στην Κρήτη. Δεν έχει υποστεί σχεδόν καμία μεταβολή από την αρχική του μορφή και γι’ αυτό το λόγο μάς δίνει μια πλήρη εικόνα του πώς ήταν ένας τρουλλαίος ναός τη συγκεκριμένη περίοδο, από την οποία δεν έχουν σωθεί παρά ελάχιστα μνημεία. Επιπλέον, η αξία των τοιχογραφιών είναι πολύ μεγάλη, τόσο από ιστορική όσο και από αισθητική άποψη. Πρόκειται για το ένα από τα δύο σωζόμενα εικονομαχικά μνημεία με ανεικονικό (χωρίς εικόνες Αγίων) διάκοσμο στην Κρήτη (το άλλο είναι η Ροτόντα στην Επισκοπή Κισσάμου). Η ανεικονική ζωγραφική διακόσμηση καταστράφηκε στα περισσότερα μνημεία μετά την ήττα του Εικονομαχικού κινήματος, επομένως η σπανιότητα των δειγμάτων αυτής της τέχνης τους δίδει εξαιρετική ιστορική αξία.
ΛΕΩΝΙΔΑΣ ΚΛΩΝΤΖΑΣ