Στο Πρότυπο Επαγγελματικό Λύκειο Νεάπολης λειτουργούν οι Τομείς: Μηχανολογίας, Ηλεκτρολογίας/ Ηλεκτρονικής, Δομικών έργων και Ναυτιλιακών επαγγελμάτων. Στη Γ τάξη οι ειδικότητες Τεχνικού Οχημάτων, Ψυκτικών, Ηλεκτρολογικών εγκαταστάσεων, Ηλεκτρονικών, Σχεδιαστών Δομικών Έργων, Μηχανικών εμπορικού ναυτικού και Πλοιάρχων.
Εξοπλισμένα εργαστήρια Οχημάτων (ΜΕΚ, Συστήματα αυτοκινήτων). Ψυκτικών εγκαταστάσεων και Κλιματισμού, Ηλεκτρολογικών εγκαταστάσεων, Ηλεκτρονικών εγκαταστάσεων, Αυτοματισμού, Σχεδιαστήρια με χρήση Η/Υ, Τεχνολογίας κατεργασιών, Συγκολλήσεων και άλλα πολλά.
